Τα απόβλητα Λιπαντικά Έλαια (ΑΛΕ) αποθηκεύονται προσωρινά στα Σημεία Παραγωγής (Συνεργεία-Πρατήρια, βιομηχανίες, Οργανισμοί Λιμένων κ.α.) σε κατάλληλες δεξαμενές και δεν αναμιγνύονται με άλλα απόβλητα. Οι κάτοχοι των αποβλήτων υποχρεούνται να τα παραδίδουν σε συλλέκτες που έχουν άδεια συλλογής και μεταφοράς Αποβλήτων Λιπαντικών Ελαίων, και σύμβαση συνεργασίας με το σύστημα εναλλακτικής διαχείρισης της ΕΝΔΙΑΛΕ. Οι συλλέκτες από την πλευρά τους έχουν την υποχρέωση σε κάθε παραλαβή αποβλήτου να εκδίδουν Έντυπο Αναγνώρισης Αποβλήτων Λιπαντικών Ελαίων, το οποίο παραδίδουν στο Σημείο απ’ όπου παρέλαβαν το απόβλητο. Τα Απόβλητα Λιπαντικά Έλαια, μετά την συλλογή από τα Σημεία Παραγωγής, οδηγούνται από τους Συλλέκτες σε ένα από τα Κέντρα Συλλογής της ΕΝΔΙΑΛΕ όπου πραγματοποιείται ποιοτικός-ποσοτικός έλεγχος και καταγράφονται τα στοιχεία των Εντύπων Αναγνώρισης που συνοδεύουν τα απόβλητα.
Μέσω των εντύπων αναγνώρισης επιτυγχάνεται η παρακολούθηση της πορείας των αποβλήτων από το σημείο παραγωγής τους έως και την τελική τους διαχείριση σε μονάδες Αναγέννησης Αποβλήτων Λιπαντικών Ελαίων. Στα κέντρα Συλλογής της ΕΝΔΙΑΛΕ, εκτός από τα προαναφερθέντα, παρέχεται στους συλλέκτες η δυνατότητα προσωρινής αποθήκευσης των αποβλήτων χωρίς κόστος, πριν οδηγηθούν από τους Συλλέκτες σε μία από τις συνεργαζόμενες με την ΕΝΔΙΑΛΕ μονάδες αναγέννησης. Η τελική διαχείριση των ΑΛΕ πραγματοποιείται σε συμβεβλημένες με την ΕΝΔΙΑΛΕ μονάδες Αναγέννησης Αποβλήτων Λιπαντικών Ελαίων, όπου τα απόβλητα υπόκεινται σε επεξεργασία από την οποία παράγεται βασικό λιπαντικό, το οποίο χρησιμοποιείται για την παραγωγή νέων λιπαντικών προϊόντων.